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Laboratory of Biological Networks
  • 10月 24

    2016 | 课题组联合发布第一个人类自身抗原数据库AAgAtlas

           自身抗体是一类由B细胞免疫系统分泌,可识别自身蛋白(自身抗原)的抗体分子。它对于维持生物体自身平衡、区分正常与异常增殖细胞以及免疫系统紊乱中均扮演着关键的角色。鉴于其重要的生理功能,发现这些自身抗体的靶标抗原并阐明它们在临床肿瘤和自身免疫病诊断和治疗中的价值则显示出重要的科学意义。例如,2012年美国FDA批准了一组由七个肿瘤自身抗原(p53、NY-ESO-1、 CAGE、GBU4-5、Annexin1和SOX2)组成的特征性图谱,Early CDT®-Lung test,用于肺癌的早期筛查。


    自1945年第一个人类自身抗原以来,国际上对自身抗体及其靶标抗原开展了大量的基础和应用研究,发表文章12万余篇。然而迄今为止却尚未有工作系统的汇总和归纳这一类特殊的蛋白分子。为了填补这一国际空白,课题组联合国家蛋白质科学中心(北京)于晓波课题组、Henning课题组,采用大量文献挖掘方法从PubMed数据库中提取45 830自身抗原摘要和94 313句子,然后采用bio-entity recognizer程序缩小到25 520 摘要, 43 253 句子和 3984 自身抗原候选分子。最后由具有丰富研究经验的专家进行五轮严格的人工核对,最终确定了1126自身抗原基因,涵盖了肿瘤、心血管疾病和自身免疫病等1071种人类相关疾病,构建了第一个全面的人类自身抗原数据库(AAgAtlas1.0)(http://biokb.ncpsb.org/aagatlas/)。对肝癌相关自身抗原开展初步生物信息学分析发现这些抗原基因参与了细胞周期、细胞凋亡、基因表达和免疫系统等多个重要的生物学过程,表明了这些蛋白在肝癌发生发展中可能具有扮演重要的角色。该数据库对于理解人类自身抗原以及开展基础和转化医学研究具有重要的应用价值。该工作发表在2017年Nucleic Acid Res期刊的数据库专刊上。课题组博士生王聃为该文章的第一作者,于晓波、李栋和Henning Hermjakob教授为共同通讯作者。 

     

    参考文献:


    Dan Wang, Liuhui Yang, Ping Zhang, Joshua LaBaer, Henning Hermjakob*, Dong Li* and Xiaobo Yu*. AAgAtlas 1.0: a human autoantigen database. Nucl. Acids Res. first published online October 19, 2016. doi:10.1093/nar/gkw946